Una noche, mientras nuestro protagonista Nate duerme profundamente, dos siniestros Yo-kai se cuelan por la ventana de su habitación y borran todos sus recuerdos, llevándose también su Yo-kai Watch. Al día siguiente, Nate se tropieza con la misteriosa tienda Memorium, donde se reencuentra con su Yo-kai Watch. Le seguirán de cerca sus divertidos colegas, Jibanyan y Whisper. Durante sus viajes, los jugadores conocerán a un Yo-kai especial llamado Hovernyan, que les enseñará a viajar por el tiempo. Los jugadores pueden elegir entre Nate o Katie para emprender un viaje en el tiempo en el que deberán averiguar las razones que subyacen a los últimos misterios y altercados en su ciudad natal.

También, por primera vez, los jugadores podrán intercambiar medallas Yo-kai online y crear un equipo con sus Yo-kai favoritos para retar a amigos en la distancia gracias al modo multijugador. Ganen o pierdan, conseguirán puntos de combate y podrán usarlos para adquirir objetos en club de puntos de combate que les ayudarán a potenciar y liberar a Yo-kai prisioneros.

Apuntar que cada título ‘Yo-Kai Watch 2’ incluye cinco exclusivos Yo-kai que pueden intercambiarse en modo local y en modo online, y cada versión determina si el jugador se unirá al ejército de los Fantasqueletos o al de los Carnánimas. Los jugadores pueden participar de la rivalidad entre ambos jugando online, ganando combates y sumando puntos para ayudar al equipo de su elección a salir victorioso en los combates semanales de Fantasqueletos vs. Carnánimas. Las primeras unidades del juego físico en ponerse a la venta incluirán una medalla que desbloquea el movimiento animáximum de Jibanyan, que será distinto según la versión del juego. ‘Yo-Kai Watch 2: Fantasqueletos’ y ‘Yo-Kai Watch 2: Carnánimas’ estarán disponibles desde el próximo 7 de abril en Nintendo 3DS.