Siguiendo los pasos de su predecesor, la historia de este nuevo juego sitúa a los jugadores después de que un gran abismo desgarre la tierra, el mundo de Luxendarc se ve sumido en la oscuridad y los cuatro cristales elementales que llevan la luz al mundo –fuego y agua, viento y tierra– son consumidos por una fuerza, provocando una alteración en el equilibrio de la naturaleza. Volcanes largo tiempo inactivos entran una vez más en erupción, y los océanos se vuelven turbios y peligrosos. Agnès Oblige, vestal del viento, salva su vida gracias a los acólitos residentes de su templo, quienes sacrifican la suya propia para protegerla del horror que asedia al cristal del viento. Guiada por un hada de cristal llamada Airy, Agnès emprende un viaje para despertar los cristales y devolver la luz a Luxendarc.

En el medio de esta catástrofe, el pueblo de Norende se ve completamente engullido por el gran abismo, dejando a Tiz Arrior como único superviviente. Decidido a reconstruir su hogar y a reparar los daños que la oscuridad ha traído a Luxendarc, Tiz se une a Agnès en su misión. Por el camino, se encontrarán con misteriosos aliados y terribles enemigos de todos los rincones de Luxendarc, desde el gentil reino de Caldisla hasta el centro del industrial Ancheim.

A diferencia de otras entregas 'End Layer' contará con una nueva función que permitirá poner a prueba las habilidades: tras ganar un combate en un solo turno, los guerreros más valientes pueden empezar uno nuevo inmediatamente, que será más difícil de superar, para tratar de aumentar las recompensas. Encadenar estos combates será una manera rápida de subir de nivel, pero la derrota supondrá perder todo lo ganado durante esos combates, así que la prudencia debería mandar siempre sobre el valor.

El título contará con 30 clases de personajes, conocidas como “trabajos”, para dotar a sus personajes de las habilidades necesarias para sobrevivir. A medida que los personajes adquieran experiencia en su trabajo y en los combates, aprenderán nuevos talentos y habilidades, lo que dará posibilidades tácticas completamente nuevas.

En su lanzamiento, el juego estará disponible en una Edición Deluxe de Coleccionista que incluye un CD de la banda sonora original, una figurita de Agnès y un libro de ilustraciones Deluxe con alrededor de 250 páginas. El juego también estará disponible en versión solus y en formato digital, para ser descargado desde Nintendo eShop.