La noche es peligrosa, de modo que el planeta solo podrá ser explorado entre el amanecer y el ocaso. Durante este periodo, es importante usar cada una de las habilidades que posee cada Pikmin. Al contar con tres protagonistas, podremos explorar áreas separadas con distintos grupos para avanzar en la exploración. A diferencia de entregas anteriores, si fracasamos o cometemos errores en el juego, podremos volver a jugar de nuevo el día, o comenzar en un punto anterior. Esta nueva opción, hará más accesible el juego para aquellos usuarios que no estén familiarizados con la franquicia.

En 'Pikmin 3', el GamePad se convertirá en una terminal de información que recibirá el nombre de 'KopPad' y hará las funciones de mapa general. Esta utilidad nos permitirá controlar a cada personaje en cualquier momento o visualizar las tareas que nuestros Pikmin están realizando. En relación a los nuevos controles del juego, la compañía ha confirmado que además del GamePad, el juego también será compatible con el mando Pro de Wii U, así como con el mando de Wii y el Nunchuck usando el GamePad como monitor.