Para la ocasión, con la ayuda de Paper Mario, el icónico fontanero y su hermano tendrán muchas más opciones de exploración, resolución de puzles y lucha contra los enemigos. Por primera vez en la serie, los jugadores podrán usar los “Trio Attacks” y la habilidad de copia de Paper Mario, que le permite crear duplicados de sí mismo con los que aumentar la capacidad de ataque, además del uso de sus habilidades especiales fuera del combate, como la capacidad para colarse por pequeñas grietas inaccesibles para el resto de personajes.

'Mario & Luigi: Paper Jam Bros.' también introduce las “Paper Craft Battles”, batallas en las que los jugadores deben derrotar a las fuerzas de Bowser utilizando el poder del baile. En estas batallas, los protagonistas participan en eventos rítmicos con los que proporcionarán energía a una construcción de papel gigante con la que enfrentarse a las construcciones de papel gigantes del ejército de Bowser.