Donkey Kong Jungle Beat te ofrece gran cantidad de opciones nuevas. Mientras que en el juego de la GameCube, el ritmo de los DK Bongós determinaba todos los movimientos de Donkey Kong, la versión para Wii presenta un manejo sencillo e intuitivo gracias al mando de Wii y al Nunchuk.

Con el Nunchuk dirigirás los pasos de Donkey Kong y agitando el mando de Wii, lanzarás las vitales Ondas sónicas, después de determinar en qué dirección quieres que vayan con el Nunchuk. Este mismo movimiento del mando de Wii o el Nunchuk servirá para lanzar a DK con un Barril cañón, golpear a algunos enemigos, lanzar objetos y reclutar a valiosos aliados como Paracardilla, Orca y Helipájaro. Moviendo el mando de Wii y el Nunchuk alternativamente conseguirás lo que antes hacías tocando el DK Bongó de la izquierda o la derecha, como los ataques combinados en las grandes batallas o tragar todos los plátanos posibles en un minijuego de zampar fruta.

Otra de las novedades de la versión para Wii es la aparición de nuevos elementos en los niveles, como los "Kikis de punto de control", que te permiten guardar tus progresos en un nivel, los "Kikis con mando de Wii", que indican que puedes realizar una acción, y los troncos que esconden nuevos secretos. La suma de estos elementos implica cambios en varios niveles. ¡Además, podrás toparte en cualquier momento con nuevos enemigos como el Bloque calavera y la Bola eléctrica! En esta ocasión, si tus enemigos, nuevos o viejos, te golpean, se reducirá tu vida en lugar del número de plátanos que has recogido.