'Shogun 2' nos sitúa en la era más oscura de Japón, una interminable guerra deja dividido el país, a mediados del Siglo XVI en la época del Japón Feudal. El país, otrora gobernado por un gobierno unificado, está ahora división en varios clanes enfrentados entre sí. Diez legendarios señores de la Guerra luchan por la supremacía en un tiempo en el que las conspiraciones y los conflictos marchitan el imperio.

Por su parte, 'Rise of the Samurai' está ambientado 400 años antes de la Guerra civil y se centra en la Guerra Genpei, un conflicto entre seis clanes de las familias Taira, Minamoto y Fujiwara. El conflicto culminaría con la instauración del denominado Shogunato y la proclamación de los Samurai como la clase gobernante. 'Fall of the Samurai', es una expansión independiente que explora el conflicto entre el trono Imperial y el ultimo Shogunato en el siglo XIX, 400 años después de los sucesos relatados en el juego original. Una confrontación entre la tradicional cultura Samurai con el poder del armamento moderno.