Ninja Gaiden 3 introducirá a los jugadores, una vez más, en una aventura junto a su héroe Hayabusa, pero esta vez descubrirán detalles acerca del protagonista que jamás hubieran imaginado. Por primera vez, los jugadores contemplarán el mundo a través de los ojos de Hayabusa y averiguarán qué razones le empujan a luchar y asesinar. En el centro del conflicto esta vez se encuentra un hombre enmascarado cuyas motivaciones y objetivos no están del todo claros. Poderes misteriosos han cambiado a Hayabusa y las líneas que delimitan al héroe y al villano, el bien y el mal, quedarán difuminadas para siempre.
Con una nueva historia, estilo de juego y modos, Ninja Gaiden 3 establece una nueva dirección en esta franquicia. El equipo de desarrollo pretende cambiar lo que los fans piensan acerca del Ninja y de Hayabusa en este juego y prometen que experimentarán lo que se siente al “asesinar a alguien” durante el juego. El juego contará con capacidades multijugador, tanto en modalidad cooperativa como competitiva, que añadirán una experiencia completamente nueva a la saga Ninja Gaiden.
Esta vez tendremos que dar caza al líder de los terroristas, El Regente de la Máscara, este alquimista encubierto hará frente a Hayabusha en cualquier lugar y aunque su conexión con los acontecimientos son claros han tomado como rehén al Primer Ministro en Londres. Ryu Hayabusa, esta vez maldito por el terrorista y alquimista, se abrirá paso por la aventura gracias a la ayuda de Cliff, el cuñado de Mizuki que ha sido asignado como científico de apoyo a las Fuerzas de Autodefensa de Japón y que se encargará de desarrollar armas para Ryu, como un arco capaz de perseguir objetivos.
Lovelace también participará en la aventura. Fría y calculadora, esta misteriosa científica opera un laboratorio secreto relacionado con los sucesos de Londres. Sus investigaciones en alquimia y genética le hacen dar con Ryu Hayabusa. Tampoco podía faltar la joven Ayane, una ninja y aliada de Ryu Hayabusa que creció aislada en la secta Hajinmon del clan ninja del Mugen Tenshin. Confía en muy poca gente y es tan sigilosa que los demás nunca saben cuál va a ser su próximo movimiento.
