Los diversos modos de juego permiten emprender misiones de acción individualmente, o en equipos de cuatro jugadores. Los fans descubrirán nuevas áreas conectados con sus amigos, disfrutarán de entretenidos desafíos arcade dentro del juego principal, podrán personalizar el cuartel general y recibirán cartas de duelos para coleccionar y jugar. Además, haciendo uso de la colección de cartas, se pueden crear mazos propios para competir entre jugadores o contra el ordenador. Las batallas tácticas del juego de cartas son representadas mediante animaciones en 3D. Mientras tanto, el modo desafío, proporciona tanto a los nuevos jugadores del género MMO, como a los más expertos, un nuevo incentivo, como nuevos héroes o con cupones para la rueda de la fortuna. Los miembros Premium de 'Marvel Super Hero Squad Online' tendrán aún más opciones de elección: podrán emplear personajes exclusivos como Iron Man o el traje negro de Spiderman. Los jugadores españoles tendrán 40 personajes adicionales disponibles en la tienda del juego. Muchos de los más de 8.000 héroes de Marvel, se irán añadiendo regularmente.