En la nueva etapa, Raiden se convierte en el encargado de investigar una presunta incursión alienígena, donde – renunciando a su famosa espada katana – es depositado al borde del campo, con el objetivo de conseguir acceso y obtener pruebas firmes de la presencia alienígena. Los alienígenas - apodados 'ladrones' por el grupo de inteligencia - se disfrazan de los guardias de seguridad de los campos, pero se les puede identificar al producir Rayos-X cuando se les apunta con la aplicación iDroid o con los binoculares. Raiden debe localizar y eliminar a los extraterrestres, manteniéndose en alerta para evitar que los guardias de seguridad lo capturen.

Metal Gear Solid: Ground Zeroes - Jamais Vu Trailer

Por el contrario, al actualizarlo en Xbox One y Xbox 360 también se podrá acceder a la misión previa de Sony 'Déjà-Vu', con una misión a medida que se remonta a la primera serie 3D. La misión contiene referencias visuales de elementos clave de la PSOne original con escenas de ‘Metal Gear Solid’. Mientras se recrean estos momentos, un sistema flashback reproduce el estilo gráfico poligonal del juego original e introduce enemigos familiares y  condiciones meteorológicas reconocibles.

Metal Gear Solid: Ground Zeroes - Deja Vu Trailer