Al igual que en sus precuelas, en Way of Samurai 3 nos encontraremos un mundo a descubrir; en mitad de la era de Tokugawa tomaremos el papel de un samurái sin señor -cuyas decisiones tendrán un enorme peso en el destino de su país. Cada pequeña decisión que tomemos, cada enemigo que matemos, hagamos huir, cada misión que aceptemos tendrá un peso en la historia, el destino de nuestro personaje y el final del juego , ya que el titulo dispondrá de varios finales alternativos según nuestras acciones.