Nintendo ha puesto a disposición de los usuarios de su portátil tridimensional una nueva actualización que añade la posibilidad de transferir el archivo de guardado de la versión física de un título a la digital, lo que significa que los jugadores que compraron un juego que adquirieron en tienda, podrán continuar en la versión de la eShop del mismo título. Sin embargo, la información que ha sido traspasada a la versión digital de un juego no puede ser recuperada. La actualización también incorpora mejoras en el proceso de descargas en segundo plano cuando la consola se encuentra en modo de espera. Si un jugador adquiere contenido y elige descargarlo después, ya no será necesario que salga de la eShop. Con cerrar la consola, la descarga comenzará.

Con respecto a la actualización, un amplio grupo de usuarios han reportado problemas tras aplicar la actualización. Según parece, puede aparecer un mensaje de error durante el proceso de instalación. Los afectados no pueden entrar en la eShop ni en los ajustes del sistema. Nintendo ha reconocido el error y ofrece una solución. Quienes sufran del problema deben seguir los siguientes pasos:  Apagar el sistema. Presionar el botón de encendido. Presionar inmediatamente y mantener L, R, A y arriba en el +Control Pad. Continuar presionando los botones antes mencionados hasta que el sistema muestre la pantalla de actualización. Y por ultimo aplicar de nuevo la actualización.